于1953年参加了清江市中西医进修班，结业后于1954年又考入江苏省中医学校（南京中医药大学前身）。
1957年程莘农奉调北京中医学院，任针灸教研组组长，兼附属医院针灸科组长、副主任、主任医师，
1975年，东直门医院并入中国中医研究院后，他转调中医研究院工作，任针灸研究所经络临床研究室主任，针灸教学研究室主任，针灸研究所专家委员会副主任委员，国际针灸培训中心副主任，主任医师，教授等。
在从医生数十年中，程老积累了丰富的临床、教学及科研经验。为中医针灸事业发展做出了多方面的贡献。
他先后应邀前往日本、加拿大、美国、法国、英国、意大利等十几个国家几十个城市进行讲学和考察，并多次组织或参加国际学术会议，努力向国际推广针灸。他也因此在国际上获得较高声望。被聘为加拿大传统针灸学院名誉教授，美国美东中医针灸师联合会名誉理事，南斯拉夫针灸学会名誉主席，挪威针灸学校名誉校长等职。
程老1990年获世界文化理事会“阿尔伯特·爱因斯坦世界科学奖”，1993年被国家科委聘为国家攀登计划“经络的研究”首席科学家，1994年当选首批中国工程院院士。1998选任中央文史馆馆员。此外还任中华针灸进修学院名誉院长，中国医学基金会常务理事，中国针灸学会副会长，中国国际针灸考试委员会副主任委员，第六届四次、五次，第七、八届全国政协委员等职。
